Aprenda a usar o método sleep() da classe Thread

public static void sleep(long millis)
  throws InterruptedException

// criamos uma classe que servirá como thread
class MinhaThread implements Runnable{
  private String nome;  

  public MinhaThread(String nome){
    this.nome = nome;
  }   

  public void run(){
    for(int i = 1; i <= 20; i++){
      System.out.println(nome + ": " + i);

      if((i == 6) && (nome.equals("Thread 1"))){
        try{
          System.out.println(nome + " foi dormir um pouco");
          Thread.sleep(5000); // 5 segundos
        }
        catch(InterruptedException e){
          System.out.println(e.getMessage()); 
        }        
      }
    }
  }
}

public class Estudos{

System.exit(0);

System.out.println(nome + " foi dormir um pouco");
Thread.sleep(5000); // 5 segundos